水培花卉因其擺設環境的特殊性,一旦發生病蟲害,不宜使用化學農藥殺蟲,也不能用大劑量的殺菌劑滅菌。這些藥物雖能起到殺蟲滅菌的作用,但同時對環境也會造成汙染。因此對水培花卉可能發生的病蟲害應以預防為主。
在選擇水培花卉時,儘可能挑選植株健壯、生長茂盛、無病蟲害的花卉。在養護過程中若發現蟲害,可採用人工捕捉,或用自來水沖洗清除。水培花卉發生浸染性病害是不多的,只有在少數葉片上有褐色病變,乾癟壞死,或者有不規則形溼漬狀病變,是由真菌或細菌浸染形成,發現後應將整片病葉摘除燒燬,勿使其蔓延。發生脫節、爛根的水培花卉,可採用植株更新的方法處理,在莖節下端3釐米處擷取上端尚完好的枝條,插在清水裡,經過一段時間的養護管理,又能長出新根成為獨立的植株。