百合的病蟲害有很多。常見病有百合疫病、病毒病、灰黴病、軟腐病等。其中百合疫病要用三乙磷酸鋁防治,病毒病可用度可行治療,灰黴病可噴灑甲基硫菌靈溶液,軟腐病則噴農用硫酸鏈黴素。它的主要害蟲是蚜蟲、金龜子幼蟲等,可以用氧化樂果或馬拉硫磷溶液噴殺。